Bláa Lónið hf. og starfsmenn fyrirtækisins hafa á undanförnum árum hlotið margvíslegar viðurkenningar. Viðurkenningarnar eru starfsfólki fyrirtækisins mikil hvatning.

Conde Nast Traveller "Readers Awards " Lesendaverðlaun 2009.
Bláa Lónið var valið besti spa staðurinn í flokki spa staða sem byggja starfsemi sína á lækningum og jarðvarma (Medical/Thermal Spa). Lesendur völdu Bláa Lónið einnig sem einn af 10 bestu spa stöðum heims !

Spa Finder 2007
Spa Finder, eitt virtasta spa tímarit heims, velur Bláa Lónið sem besta spa staðinn í flokki þeirra sem veita lækningameðferðir (Medical Spas).

Íslensku byggingalistaverðlaunin 2007
VA arkitektar hlutu Íslensku byggingalistaverðlaunin fyrir hönnun Bláa Lónsins Lækningalindar. Þetta var i fyrsta sinn sem verðlaunin voru veitt. Í umsögn dómnefndar segir um Bláa Lónsið - lækningalind: „Með öguðu efnisvali og formi hússins eru dregin fram skörp skil á milli geómetrískra forma byggingarinnar og lífrænna forma náttúrunnar sem vekja sterk hughrif. Sérkennilegt andrúmsloftið endurspeglast í óvæntum samsetningum og frágangi þar sem grænu gleri og dökkri hraunklæðningu er teflt gegn hlýlegum viði. Öll smáatriði eru leyst á vandaðan hátt sem fellur að yfirbragði heildarinnar.“  

Bláa Lónið lækningalind hlaut norrænu lýsingaverðlaunin 2006
Bláa lónið - lækningalind hlaut Norrænu lýsingarverðlaunin 2006 en verðlaunin voru veitt á Nordlys 2006, norrænni ráðstefnu ljóstæknifélaga sem haldin var í Reykjavík 14.-16. júní sl.
Þetta er í fyrsta skipti sem íslenskt verk hlýtur þessi verðlaun en þau eru veitt annað hvert ár og er markmið þeirra að vekja athygli á vandaðri norrænni lýsingu. Lýsingarhönnun heilsulindarinnar var í höndum Guðjóns L. Sigurðssonar, lýsingarhönnuðar hjá Rafteikningu hf. en VA arkitektar ehf. hönnuðu bygginguna.

Menningarverðlaun DV fyrir hönnun lækningalindar
VA Arkitektar fengu Menningarverðlaun DV í flokki byggingarlistar fyrir Bláa Lónið - lækningalind sem voru afhent á Hótel Borg þann 6. apríl sl. Er þetta í annað skipti sem VA Arkitektar hljóta Menningarverðlaun DV fyrir byggingarlist en árið 1999 fengu þeir einmitt verðlaun fyrir Bláa Lónið - heilsulind.

Útflutningsverðlaun forseta Íslands
Árið 2004, veitti forseti Íslands, hr. Ólafur Ragnar Grímsson, Bláa Lóninu hf. Útflutningsverðlaun forseta Íslands við hátíðlega athöfn á Bessastöðum. Útflutningsverðlaun forseta Íslands eru veitt í viðurkenningarskyni fyrir markvert framlag til eflingar útflutningsverslun og gjaldeyrisöflun íslensku þjóðarinnar.
Úthlutunarreglur kveða á um að verðlaunin skuli veitt fyrirtækjum eða einstaklingum, íslenskum eða erlendum, fyrir árangursríkt starf að útflutningi á íslenskum vörum eða þjónustu á erlendum markaði. Veiting verðlaunanna tekur mið af verðmætisaukningu útflutnings, hlutdeild útflutnings í heildarsölu, markaðssetningu á nýjum markaði, ásamt fleiru.

Markaðsverðlaun ÍMARK
Bláa Lónið hf. hlaut markaðsverðlaun ÍMARK fyrir árangursríkt markaðsstarf á árinu 2001. Þetta er í 11. sinn sem verðlaunin eru veitt og er þetta í jafnframt í fyrsta sinn sem Suðurnesjafyrirtæki hlýtur verðlaunin.

Nýsköpunarverðlaun
Rannsóknarráð Íslands og Útflutningsráð Íslands veittu Bláa Lóninu hf. Nýsköpunarverðlaun ársins 2000 fyrir framúrskarandi árangur í rannsóknum og þróunum og farsæla markaðsfærslu nýjunga. Þorsteinn Ingi Sigfússon, formaður Rannsóknarráðs Íslands, afhenti Grími Sæmundsen, framkvæmdastjóra Bláa Lónsins hf., verðlaunin á Hótel Loftleiðum þann 9. mars, 2000.

Bláfáninn
Bláa lónið er fyrsti staðurinn á Íslandi til þess að hljóta Bláfánann en fáninn var afhentur í Bláa lóninu 5. júní 2003. Gestir Bláfánastrandar geta verið vissir um að hámarks snyrtimennsku sé gætt á svæðinu, sjórinn og vatnið sé hreint, viðhald bygginga sé í góðu standi og að fræðsla um verndun umhverfisins sé til staðar fyrir gesti. Um 30 lönd eiga aðild að Bláfánanum. Bláa lónið hefur fengið Bláfánann árlega síðan 2003.

Hvatningarverðlaun Ferðamálaráðs Íslands
Bláa Lónið hlaut hvatningarverðlaun Ferðamálaráðs Íslands í heilsutengdri ferðaþjónustu. Verðlaunin voru afhent á ráðstefnu um heilsutengda ferðaþjónustu sem haldin var í Eldborgu, Svartsengi þann 6. desember.

Umhverfisverðlaun Ferðamálaráðs
Bláa Lónið hf hlaut umhverfisverðlaun Ferðamálaráðs árið 1999. Sturla Böðvarsson, samgönguráðherra afhenti Grími Sæmundsen, framkvæmdastjóra Bláa Lónsins hf, verðlaunin á ferðamálaráðstefnunni á Egilsstöðum. Verðlaunin eru höggmyndin Harpa eftir Hallstein Sigurðsson, myndhöggvara. Í umsögn ráðherra kom fram að öll umgengni og mannvirki Bláa lónsins væru í mikilli sátt við umhverfið og féllu vel að hrauninu. Alls voru 11 fyrirtæki tilnefnd til umhverfisverðlauna ferðaþjónustufyrirtækja.

Víkurfréttaverðlaunin
Bláa Lónið hf hlaut Víkurfréttaverðlaunin 2000 fyrir framlag sitt til atvinnulífs á Suðurnesjum.

Bláflaggsskírteinið
Bláa lónið veitti Bláflaggs skírteininu viðtöku á baðstaðnum við Bláa lónið þann 26. júlí, 2001. Skírteinið, sem gefið er út af Umhverfisfræðslusjóði Evrópu (FEEE), er viðurkenning og hvatning til rekstraraðila baðstranda og smábátahafna sem hafa ásett sér að uppfylla öll sett skilyrði Bláflaggsins. Umhverfisverndarsamtökin Landvernd hafa leyfi sjóðsins til að veita Bláflaggið hér á landi